游戏中有很多有趣的玩法，与反叛忍者战斗就是非常独特的玩法之一。首先，镇压叛乱是一项组织活动。每天获得的组织密令数量达到指定数量后，组织领导者即可开始此玩法。启用后，组织成员即可参与。
每个成员可以对抗三名反叛忍者。挑战完成后，需要等待BOSS出现。挑战结束后可以获得铜币和功勋奖励。在这个游戏中，有一个特定的时间限制。而且，与叛徒忍者的战斗也不是仅靠少数人就能完成的，而是需要组织所有成员的共同参与。在开始这个玩法之前，作为领导者，你必须与成员们进行良好的沟通，并让他们参与进来。反叛忍者也分为不同等级，比如无名、低级和高级反叛忍者。根据叛逆忍者的等级不同，在对抗过程中获得的愤怒值也会发生很大的变化。
与高等级叛逆忍者战斗后，怒气值的提升是很明显的，而如果后期能对抗S级叛逆忍者，获得的奖励会更加丰厚。在与叛逆忍者的战斗过程中，为了鼓舞士气，你可以选择鼓舞士气。在激励期间，每个成员的攻击力都会增加，但停止激励需要花费游戏币。领导者决定是否花费游戏币。当然，成员也可以自己花钱购买，这就凸显了一个好的集体的重要性。领导者固然重要，但成员之间的密切配合也是关键。